Na véspera do Natal de 2029, o não identificado "Vírus Apocalítico" espalhou-se pelo Japão em estado de emergência num caos chamado "Natal Perdido". A organização internacional chamada GHQ intervém com leis marciais e restaura o Japão ao custo da independência. O Vírus do apocalipse, como é chamado mais tarde no anime, contaminou a população de Roppongi após uma explosão de raiva de Mana Ouma, irmã do Shu. Ela ficou com raiva quando ele se negou a casar com ela e explodiu, causando o lost chrismas. 10 anos depois, em 2039, Ouma Shu de 17 anos, um estudante anti-social do ensino médio, conhece Inori Yuzuriha, cantora que ficou popularmente conhecida na internet como "Egoist", enquanto visita um de seus lugares favoritos em seu caminho da casa para a escola. Shu é um grande fã de Inori. Contudo, ele também descobre um outro lado dela: ela é um membro da funerária, uma organização de oposição que tem o objetivo de libertar o Japão da GHQ. Shu começa a tomar parte nas ações da Undertaker e a "marca do rei" aparece em sua mão direita. Esta "marca" confere aele o poder de alcançar a alma de outra pessoa e extraí-la de modo que se materializa uma arma.
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Quando a população da Terra teve um aumento muito grande, os humanos tentaram colonizar Marte. Durante a colonização, eles descobriram duas tecnologias extra- terrestes: os Bacillus e as nanomáquinas Kresnik. Os colonos injetaram os Bacillus em seus corpos e se transformaram em Methuselahs. Eles injetaram os Kresnik no corpo de quatro bebes de tubo de testes: Seth, Cain, Abel e Lilith de quem achavam ser os únicos corpos que poderiam sobreviver aos testes. Quando os colonos voltaram para a Terra, uma guerra se iniciou entre os Methuselahs e os humanos sobreviventes na terra. Abel, Cain e Seth ficaram do lado dos Methuselah – Mas Lilith ficou do lado dos humanos. A guerra continua levou ao “Armageddon”, o apocalipse que aconteceu 900 anos antes de começar a história. Durante a guerra, Cain ficou louco e matou Lilith. Sofrendo, Abel levou seu corpo para o Vaticano onde ela foi enterrada. Abel ficou ao seu lado, chorando, por 900 anos. No começo da história, os vampiricos Methuselahs, tem uma política e força militar superior, continuam a manter a guerra contra os “Terrans”, que eles chamam de Humanos normais. A Igreja Católica de Roma é a maior força militar determinada à proteger os humanos dos Methuselahs, tendo seu centro de poder o Vaticano. Os Methuselahs tem a capital de Bizzantium, que é cercado por um campo de partículas para filtrar a radiação UV, protegendo a população Methuselah.
Há várias décadas atrás, a humanidade foi quase exterminada pelo súbito aparecimento de seres humanoides, conhecido como Titãs. Criaturas de tamanho enorme e de inteligência aparentemente baixa, que comiam humanos por prazer. No entanto, um pequeno grupo de seres humanos sobreviveu no interior de uma cidade protegida por paredes superiores a três vezes a altura dos maiores Titãs registados até à data. Durante 107 anos, a cidade fortificada foi testemunha de ataques dos Titãs sem sucesso, até que um dia, o jovem Eren Jaeger e sua irmã adotiva, Mikasa Ackerman, foram testemunhas da aparição de um Titã colossal, fazendo uma abertura em uma das paredes exteriores da cidade, o que permitiu a entrada de um grande grupo de Titãs menores. Ambos os filhos presenciam o horror de ver sua mãe sendo comida viva por um deles. Desde aquele dia, Eren jurou vingança contra cada um dos Titãs.
Quando o Portão Divino é aberto, o mundo dos vivos, dos céus e o submundo se conectam, iniciando uma era de caos onde desejos e conflitos acontecem. Para restaurar a ordem, o Conselho Mundial é formado. Conforme a paz é restaurada, o Portão Divino se torna uma lenda urbana. Nesse mundo, garotos e garotas considerados adequados ao Conselho Mundial são reunidos. Eles são aqueles que buscam chegar ao portão por objetivos pessoais. Aqueles que chegarem ao portão podem recriar o mundo. O que está além do portão? Quando chegarem à porta, o mundo mudará? Serão mudanças no passado ou no futuro?
Yu-Gi-Oh! narra a história de Yugi, um estudante do colegial abaixo da média para quem foram dadas peças fragmentadas de um antigo artefato egípcio, o Enigma do Milênio, por seu avô. Ao remontar o quebra-cabeça, ele é possuído por uma outra personalidade que mais tarde é revelado ser o espírito de um faraó de 3.000 (5.000 anos de idade no anime inglês), que perdeu sua memória. Conforme a história avança, os dois (juntamente com os amigos de Yugi), tentam encontrar o segredo das memórias perdidas do Faraó e seu nome com o jogo Duel Monsters virar um cenário prevalente no enredo.
